A primera divisió va jugar al Celta de Vigo durant 3 temporades.

Com a entrenador va començar al Palafrugell. També va estar a la Unió Esportiva Figueres i al Terrassa FC.

La temporada 2007-2008 va passar a ser el segon entrenador del FC Barcelona B, fent equip amb Josep Guardiola. La temporada següent, quan Josep Guardiola passa a entrenar el primer equip, ell també l’acompanyarà com a segon. Estaran junts fins a finals de la temporada 2011-2012 quan Guardiola marxa de l’equip.

La temporada següent, la 2012-2013 serà ell el primer entrenador del FC Barcelona. 

Va aconseguir la millor arrencada de Lliga en la història del Barça i el millor inici de tota la història de la Lliga.  Ha estat  l’ únic entrenador del FC Barcelona que aconseguí assolir els 100 punts en una lliga, record a la Lliga espanyola.  També va ser el primer entrenador del FC Barcelona que va fer un equip de primera totalment amb jugadors de la Masia. Va ser el 25 de novembre de 2012 davant del Llevant.

Va haver de deixar l’equip quan va acabar la temporada per una greu malaltia.