El poble va formar part del comtat d’Empúries. En el centre del poble trobem el Castell on els comtes van viure a finals del segle XIII i principis del segle XIV.

La Parròquia de Sant Joan de Bedenga té els seus orígens al segle VI, en el període visigòtic. Al llarg dels segles s’han anat fent moltes modificacions i per aquest motiu trobem elements preromànic, romànics…

A prop del poble hi havia un estany, l’estany de Bellcaire. Aquest estany va ser dessecat a mitjans del segle XVII per aprofitar les terres per al conreu.

El poble va ser més conegut a partir de l’any 2008 quan el futbolista, Francesc Vilanova i Bayó, nascut al poble, va passar a ser el segon entrenador del FC Barcelona, fent equip amb Josep Guardiola. Francesc Vilanova era conegut com a Tito Vilanova.